一、捏造（fabrication）、篡改（falsification）

案例1-1 期刊論文與博士論文的資料造假

案例1-2 美國哈佛Dr. Darsee的造假事件

案例1-3 日本理化研究所小保方晴子的幹細胞研究事件

案例1-4 瑞典Karolinska Institute的氣管手術風暴

案例1-5 美國Dr. Summerlin的假移植研究

七、著作權歸屬

案例7-1 學生兼任助理著作權歸屬與貢獻之爭議

案例7-2 學位論文之著作權歸屬

二、抄襲（plagiarism）

案例2-1 碩士論文抄襲他人的著作

案例2-2 碩士論文被他人抄襲

案例2-3 升等論文抄襲致資格撤銷

案例2-4 抄襲與列名作者責任

案例2-5 抄襲與組織倫理

案例2-6 未正確引用他人著作

八、作者排序

案例8-1 列名作者責任

案例8-2 研究成果的分享及分配

案例8-3 學生間的合作型研究

案例8-4 作者的定義和排序

案例8-5 臺灣研究人員的同儕審查事件

三、研究資料蒐集與處理不當

案例3-1 量產論文的論辯

案例3-2 統計分析研究的兩難道德問題

案例3-3 研究資料收集之不當行為

九、同儕壓力、導師及導生關係

案例9-1 密西根大學實驗室的惡意破壞

案例9-2 導師及導生間的意見衝突

案例9-3 同儕審查的揭露及迴避

四、人體實驗

案例4-1 威羅布克州立學校的肝炎研究

案例4-2 耶魯大學的權威服從實驗

案例4-3 史丹福大學的模擬監獄生活實驗

案例4-4 賓州大學的基因治療人體試驗

案例4-5 哥倫比亞大學的餐廳客訴實驗

案例4-6 史丹佛醫學院的道德兩難困境

案例4-7 免疫學之父的天花疫苗研究

十、利益衝突

案例10-1 財務的利益衝突與內線交易

案例10-2 財務的利益衝突與研究參與之決定

案例10-3 政府贊助研究與商業贊助研究間之衝突

案例10-4 醫學研究中的利益衝突

五、動物實驗

案例5-1 法國外科醫師的活體動物解剖示範

案例5-2 實驗計畫書的變更

十一、論文審查

案例11-1 自傳及論文提案（計畫）的代寫

案例11-2 出國報告的代寫與抄襲

案例11-3 專書章節的代寫

案例11-4 稿代辦與同儕審查造假

六、資料管理

案例6-1 研究資料與實驗室管理

案例6-2 研究資料的管理、面對研究不當行為的舉發、機構責任

案例6-3 受試者的隱私管理

案例6-4 研究資料的取得及管理

案例6-5 臺灣研究人員的實驗記錄缺損事件

十二、研究不當行為舉發與調查

案例12-1 面對研究不當行為的舉發

案例12-2 研究不當行舉發者的兩難

案例12-3 美國糖研究基金會之Project 226：哈佛大學的心臟病評論論文

案例12-4 不當研究行為的調查時機及作法

案例12-5 國際合作的倫理審查衝突

案例12-6 不當研究行為的隱匿及舉發

案例12-7 不當研究行為的調查時機及作法

案例12-8 不當研究行為的舉報與管理